故事發生在圣米海洛夫學園之中，亞歷山大（三瓶由布子 配音）是一位臉上有著十字架形圣痕的俄國少年，某日，他同名為織部真冬（藤村步 配音）的平凡少女相遇了。亞歷山大背負著沉重的過去，他的姐姐被黃金煉金術師殘忍殺害，復仇成為了亞歷山大唯一的信念。在亞歷山大的帶領之下，織部真冬被卷入了煉金術師之間的激烈戰斗之中，而她的命運將就此改變。